Forøget spænding mellem den engelske krone og parlamentet flammede til sidst op i åben krigsførelse i 1642. I den efterfølgende borgerkrig, som nogle gange kaldes »Den Store Opstand«, blev kong Charles I støttet af det anglikanske bispestyre, mens presbyterianerne og andre reformister tog parlamentets side. Royalisterne, som startede krigen stærke i det nordlige og vestlige England, mistede norden efter slaget ved Marston Moor i 1644. Efter den parlamentarianske sejr ved Naseby året efter blev Charles tvunget til at overgive sig. Krigen gik ind i en ny fase på kongen undslap og indgik en alliance med skotterne. Men New Model Army under Oliver Cromwell slog alle de royalistiske opstande ned og slog en skotsk invasion tilbage. Charles blev halshugget i 1649. Efter at modstanden i Irland og en skotsk opstand for Charles II blev knust, blev monarkiet afskaffet og en republik (kaldet Commonwealth) etableret under Cromwells protektorat. (To år efter Cromwells død i 1658 blev monarkiet genindført under den tilbagekaldte Charles II).