Trods deres overvældende nederlag ved Dunbar,
fortsatte skotterne med at krone Charles
II som deres konge, ved Scone den 1. januar 1651. Imens førte Oliver Cromwell sin engelske hær ind i Edinburgh. Rundhovedgeneralen fortsatte derpå
sin fremrykning dybere ind i Skotland, idet han marcherede mod Perth.
Dette gav Charles II og hans erfarne skotske kommandør, general David Leslie,
muligheden for at kontrainvadere England. I spidsen for en ny hær
på 16.000 skotter, som nu var mere royalistiske end presbyterianske,
marcherede den unge konge sydpå. Cromwell lod klogeligt skotterne
manøvrere fordi ham. Han erobrede Perth den 2. august 1651 og indledte
derpå forfølgelsen, hvilket afskar royalisterne fra deres
base. Uheldigvis for Charles flokkedes kun få englændere om
hans banner, og ved Worcester, i det vest-centrale England, blev han tvunget
til at holde stand. Den 3. september angreb Cromwell med 20.000 veteraner
fra New Model Army, suppleret med engelske militsfolk for at give
ham en overlegenhed på 2-til-1. Selvom de royalistiske skotter og
englændere kæmpede tappert, var de ingen modstander for Cromwells styrker,
som trængte frem langs begge sider af Severn-floden. Den større,
bedre udrustede og veltrænede hær fra Commonwealth knuste
dets fjender. Kun nogle få skotter overlevede og Charles selv flygtede
for livet. Den kommende konge af England undslap med nød og næppe
i seks uger, inden han igen fandt sikkerhed på Kontinentet.
Med den sidste skotske hær knust, sendte Cromwell
general George
Monck (senere hertug af Albemarle) nordpå for at undertrykke
den modstand der måtte restere i landet mod nord. Dette blev fuldført
i maj året efter. Den ni år lange borgerkrig, eller Store
Opstand, sluttede således med Cromwell som fuldstændig herre
over Irland og Skotland foruden England.