I løbet af de første tre måneder efter slaget ved Ruspina, forstærkede både Julius Cæsar og pompeianerne deres respektive hære for det forventede afgørende slag i Nordafrika. Cæsar tvangsudskrev nok tropper til at danne 10 legioner. Den pompeianske styrke voksede svarende til 14 legioner, under kommando af Cæsars fire bitre fjender: hans tidligere løjtnant Titus Labienus, Metellus Pius Scipio, en af de slagne ledere ved Pharsalus; Sextus Pompey, søn af den afdøde Pompey den Store; og Juba I af Numidien, sejrherre over Rom ved Bagradas-floden tre år tidligere. Slaget fandt sted nær Thapsus, på nordkysten af det nuværende Tunesien, den 6. april. Cæsars taktiske geni og hans veltrænede legionærers tapperhed kombineredes for at knuse den fjendtlige koalition. Pompey den yngre og Labienus flygtede til Spanien; Juba og Metellus Scipio begik selvmord. Ved Utica erfarede Marcus Porcius Cato, den yngre, om den cæsarianske sejr og også han begik selvmord. Kun Spanien forblev tilbage til at udfordre Cæsars absolutte styre, som nu modtog udnævnelse fra det romerske senat som diktator for ti år.