Da
han erfarede, at Pompey
den Store (Pompejus Magnus) var flygtet til Ægypten efter slaget ved
Pharsalus, sejlede Julius
Cæsar med det samme til Alexandria. Her fandt han den ægyptiske trone
i strid mellem Ptolemæus XII og hans søster (også hans første hustru) Kleopatra
VII (Pompey var allerede blevet myrdet). Cæsar beordrede begge fordringshavere
til at aflægge rapport til ham den 7. oktober 48 f.Kr., for en beslutning
om den retfulde hersker. Kleopatra indvilligede, men den 13 år gamle Ptolemæus
afslog. I stedet beordrede han sin general Achillas til at rykke frem
mod Alexandria for at arrestere den uforskammede romer.
Med kun 3.200 mand til sin rådighed, forvandlede Cæsar
det kongelige palads til en fæstning. Her slog hans trofaste legionærer
Achillas 20.000 tropper tilbage i fem måneder. For at undgå en fatal belejring,
sendte Cæsar en gruppe ind i havnen for at besætte øen Pharos. Denne aktion
holdt havnen åben for en undsætningsstyrke, som endeligt ankom i slutningen
af marts 47 f.Kr. Den samlede romerske styrke drev Achillas hær på flugt.
Ptomely druknede i Nilen da han prøvede at undslippe. Med Cæsars støtte
blev Kleopatra og hendes 11 år gamle broder, Ptolemæus XIII, i fællesskab
herskere over Ægypten. Tre måneder senere, i juni, forlod Cæsar Ægypten
mod Syrien.