Som en del af den føderale kampagne for at rydde længden af Mississippi-floden, rykkede general Nathaniel Banks op fra New Orleans med 20.000 tropper. Den 26. maj nærmede Banks' XIV korps sig den konføderale fæstning ved Port Hudson, Louisiana, 40 km nord for Baton Rouge. Den følgende dag angreb de føderale havnebyen, som blev holdt af omkring 16.000 mand under general Franklin Gardner, men blev afvist. Den 11. og 14. juni foretog han yderligere to mislykkede angreb. Selvom garnisonen led frygtelige afsavn, holdt den ud indtil 9. juli, da den erfarede at Vicksburg, længere oppe af floden, var faldet og således gjort Port Hudson uholdbar. Totale konføderale tab var 7.200 inkl. 5.500 som overgav sig. Belejringen kostede de føderale 3.000 i dræbte, sårede og savnede. Mississippi-floden var nu fuldstændig i Unionens besiddelse, og de konføderale stater var delt i to.