Syv år efter at have afsendt den første invasion af Japan, prøvede den kinesiske mongolkejser Kublai Khan, sønnesøn af den store Genghis Khan, igen. Invasionsflåden, som medførte et anslået 50.000 krigere, krydsede Det japanske Hav og erobrede for anden gang øerne Tsushima og Iki. Efter at være gået i land i det nordlige Kyushu, trængte mongolerne ind i landet. Men mure og andre fæstningsværker, som Hojo-lederne havde bygget i det vestlige Japan, stoppede effektivt alle mongolske forsøg op at opnå et gennembrud. Imens til søs gjorde de mindre japanske skibes mobilitet det muligt at påføre de mongolske fartøjer svære tab. Efter næsten to måneders fastlåste kampe på land, slog en kraftig storm en stor del af den angribende armada til vrag. De få tusinde overlevnede mongoler trak sig derpå tilbage til Korea. Kublais død i 1294 sluttede den mongolske trussel mod Japan.