Med
Oranjefristaten erobret og annekteret, sendte general Lord Frederick
Roberts sin britiske hær tværs over Vaal-floden ind i
Transvaal, boernes sidste højborg. General Louis
Botha, i kommando med boer-styrkerne i Transvaal, faldt tilbage nordpå.
Den 17. maj trængte en hurtigt fremrykkende britisk kavalerikolonne
under Sir Bryan Mahon ind i Mafeking,
hvilket sluttede den 217 dage lange belejring. To uger senere stormede
britiske tropper ind i Johannesburg. Roberts fortsatte sin offensiv og
red 55 km nordpå for at erobre Transvaal-hovedstaden Pretoria den
5. juni. Fem dage senere gennembrød general Sir Redvers
Buller passene gennem Drakensberg-bjergene mod sydøst og invaderede
Transvaal fra Natal. De to hære slog sig sammen ved Vlakfontein
den 4. juli. Dette sluttede formelt boernes modstand. Transvaal blev annekteret
den 3. september, mens dets præsident, Oom
Paul Kruger, flygtede til Europa.
Men boerne nægtede at overgive sig. Anført
af Botha, Jacobus De La Rey, Christiaan DeWet, James Hertzog, Jan Christiaan
Smuts og andre forlængede de krigen i yderligere 20 måneder
ved guerillaangreb mod den britiske besættelseshær. Til sidst
knuste general Lord Kitchener
modstanden ved at opstille pigtrådshegn, blokhuse og koncentrationslejre.
Den 31. maj 1902 accepterede de hårdt kæmpende kommandosoldater
til sidst det britiske overherredømme ved Vereeniging, 46 km syd
for Johannesburg.