Efter at tyrkerne var blevet drevet tilbage ved Wien i 1529, kom den største trussel mod Europa fra havene. Den osmanniske sultan, Suleiman I, den Storslåede, gjorde den berberske pirat Barbarossa II (Khaireddin) til øverstbefalende over den tyrkiske flåde. Med en styrke primært bestående af pirater, begyndte Barbarossa at hærge Middelhavets kystlinjer og erobrede i 1534 Tunis. Alarmeret over tyrkernes voksende maritime styrke, organiserede Charles V, tysk-romersk kejser, en flåde på 600 skibe under Andrea Doria fra Genoa. Denne ekspedition krydsede Middelhavet i juni 1535 og drev Barbarossas skibe tilbage. Erfarne tropper blev landsat i Tripoli. I juli angreb og erobrede Tunis, som blev plyndret i et tre dage langs orgie. Men sejren lammede kun tyrkernes sømagt midlertidigt. Tunis blev generobret af muslimske styrker i 1569, mistet i 1573 og genvundet i 1575, og piratangreb ville plage Middelhavet i endnu 250 år.