Mens general Winfield Scotts hær havde etableret kontrol over Mexico City, angreb en mexicansk hær de amerikanske forbindelseslinjer som førte tilbage til Veracruz. Ved Puebla, 105 km mod øst, omringede general Joaquin Rea den amerikanske garnison den 14. september og krævede dens overgivelse. den belejrede kommandør, oberst Thomas Childs, nægtede, selvom størstedelen af hans 2.300 tropper bestod af sårede og rekonvalescenter. Childs position blev endnu mere desperat da general Antonio de Santa Anna, som var flygtet fra Mexico City og fraskrevet sig præsidentembedet, ankom med omkring 8.000 ekstra tropper. Men den 1. oktober forlod Santa Anna Puebla, hvilket svækkede belejrernes vilje. Elleve dage senere tvang en ekspedition fra Veracruz anført af general Joseph Lane mexicanerne til at hæve belejringen. Dette var den sidste konflikt i krigen. Den 2. februar bragte Guadelupe Hidalgo-traktaten fred mellem USA og Mexico.