Efter kun 75 års frihed blev den gamle jødiske hovedstad igen en slagmark, da der udbrød borgerkrig mellem medlemmerne af den herskende Maccabees-familie (Hasmonacan). Dette var uheldig timing for jødernes side. De egyptiske og syriske monarkiers tilbagegang havde dannet et vakuum i det vestlige Asien som Rom hurtigt udfyldte. Den romerske general Pompejus den Store intervenerede i den palæstinensiske strid ved at lægge Jerusalem under belejring i 66 f.Kr. Efter at have holdt stand i tre år overgav byen sig. Derefter kom Judæa under den romerske guvernør i Syrien. Etableringen af romersk overherredømme over de gamle hellenistiske monarkier var nu tilendebragt.