Tokugawa-shogunatet, som kom til magten i 1600, forfulgte de kristne skånselsløst. I 1637 lå den største tilbageværende kristne bosættelse på Shimabara-halvøen i det vestlige Kyushu. Da disse mennesker gjorde oprør senere det år, indsatte shogun Iemitsu en største gruppe af kejserlige tropper. Omkring 17.000 oprørere, primært kristne, søgte tilflugt i Hara-borgen. Efter en belejring på tre måneder faldt borgen i begyndelsen af 1638. Alle de som havde overlevet belejringen blev dræbt. Denne massakre udslettede næste de sidste spor af kristendommen i Japan.