Den periodiske utilfredshed i Irland smeltede sammen med den spansk-engelske kamp i 1590'-erne. Støttet af Spanien anførte Hugh O'Neill (jarl af Tyrone) en opstand mod det engelske styre i 1598. Dronning Elizabeths favorit, Robert Devereux (2. jarl af Essex) ilede til Irland året efter, men var ikke i stand til at slå opstanden ned. (Han vendte tilbage til London, konspirerede mod kronen og blev henrettet i 1601). Charles Blount (Lord Mountjoy) fik derpå kommandoen over de engelske styrker. Den nye kommandø havde opstanden under kontrol da 4.000 spanske soldater gik i land ved Kinsale på Irlands sydkyst i 1601. Da Mountjoy forhindrede en forening af de allierede, blev spanierne tvunget til at overgive sig inden årets udgang. Derpå vendte den engelske general sig igen mod rebellerne og fremtvang underkastelsen fra Tyrone selv.